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L'état physicochimique d'une masse d'eau correspond plus ou moins à l'évaluation de la qualité de l'eau telle qu'on l'entendait avant l'apparition de la DCE (analyse des matières organiques, matières en suspension, nitrates, ammoniac, etc.). La DCE cadre strictement les éléments qui doivent être mesurés, et les seuils qui doivent être employés. Les éléments de qualité concernés sont les suivants
- Taux d'oxygène dissous (mg/l),
- Taux de saturation en oxygène (%),
- Demande biochimique en oxygène pendant 5 jours (DBO5, en mg O2/l),
- Carbone organique dissous (COD, en mg/l).
- Orthophosphates (PO43-, mg/l),
- Phosphore total (mg/l),
- NH4+ (mg/l),
- NO2- (mg/l),
- NO3- (mg/l).
- pH minimum,
- pH maximum.
Pour tous ces éléments de qualité, la valeur à retenir est le centile 90 : il s'agit de la valeur mesurée la plus haute de la série de données après avoir retiré les 10% des valeurs les plus pénalisantes.
L'état physicochimique de la masse d'eau sera définit par la valeur la plus pénalisante observée.
Certains polluants spécifiques sont utilisés pour évaluer le bon état écologique. Ces substances sont celles qui sont le plus fréquemment détectées dans les eaux de surface et les sédiments. Elles sont au nombre de 9 :
Toutes ces substances ne doivent pas dépasser une valeur seuil spécifique, appelée « norme de qualité environnementale » (NQE). Les valeurs prises en compte sont les moyennes annuelles.
D'autres polluants chimiques sont mesurés dans le cadre de l'évaluation de l'état chimique.
L'état hydromorphologique des cours d'eau correspond à son état physique, il prend en compte différents éléments appelés « compartiments » :
Ces éléments sont généralement évalués via un protocole spécifique mis au point par l'ONEMA, le « Réseau d'Expertise des Habitats » (REH). Celui-ci évalue le degré de dégradation de chaque compartiment par rapport à un état naturel, peu modifié.
Cet état hydromorphologique n'est pas pris en compte directement pour l'évaluation du bon état écologique ; il peut en revanche servir de facteur explicatif à une dégradation de l'état biologique. Il est par contre directement pris en compte pour l'évaluation du très bon état écologique (cf. ci-dessous).
Pour l'évaluation globale de l'état écologique de la masse d'eau, la règle globale est illustrée dans le schéma suivant.